هذه المؤسسة المحدثة التي لا تكتسي صبغة إدارية ستكون تحت إشراف وزارة الفلاحة ويسير شؤونها مجلس إدارة يرأسه رئيس مدير عام يعيّن بأمر (من قبل رئيس الدولة)، كما تضم تركيبة مجلس الإدارة ممثلين عن عدة وزارات وهي: رئاسة الحكومة والمالية والاقتصاد والتخطيط والصناعة والتجارة والصحة والبيئة وديوان الحبوب وديوان تربية الماشية وتوفير المرعى وديوان الأراضي الدولية والهيئة الوطنية للسلامة الصحية للمنتجات الغذائية مع دعوة كل من يرى المجلس فائدة في حضوره.
كما تعقد اجتماعاته بدعوة من رئيسه مرة على الأقل كل ثلاثة أشهر وكلما دعت الحاجة لذلك.
مهام ديوان الأعلاف هي التالية: